5.1版本拉开了尼尔联动的序幕，矮人村莫名其妙地出现了一群2B小妹妹模样的复制者，对方看起来不好，围攻白色版本2B，她自称2P，这时，玩家扮演的主角光之战士赶到救了他2P，和在场的一对矮人兄弟姐妹一起，在附近找到的钥匙打开了山上的一扇门，发现了一家工厂的废墟，里面有大量的复制品。
到了复制厂的尽头，大家都看到了一个意想不到的人：9S，作为前作的主角之一，他带着玩家揭开了寄叶的秘密，并公布了真相FF14里，9S玩家一出现就在玩家身边。2P发起攻击，激战后玩家被击败9S，它落在山谷里，不知道它要去哪里，但它落在山谷里2P这时，由于能量耗尽，活动停止了。
5.3版本迎来了尼尔联动情节的续集。玩家一起跑腿，找到了一台辅助机、另一把钥匙和备用机械部件，唤醒了休眠2P，然而2P抢钥匙后，反过来召唤一堆白衣人攻击玩家。原来钥匙其实是信号发送装置。2B帮助玩家突然被击败2P，随后2P逃跑，为了追她，新副本人偶军事基地出现了。
这个副本的场地和原来的地堡很像，玩家在这里也看到了机库和2B小妹妹的房间，可以说是对原作的极高还原。
击败最后BOSS之后，玩家得知白色生命体是一个未知的光球，用来对抗像他们这样的黑色生命体。从任务情节中，他们还可以发现，这对被排除在外的双胞胎兄弟姐妹以前见过这个光球，这为结局奠定了基础。
在人偶军事基地，2P军团制造了一个拔地而出的高塔，玩家将要在里面进行最后的战斗，无论是白球，还是变成小飞机黑进系统的小游戏环节，都非常还原了。
最终BOSS目的是吞噬整个艾欧泽亚世界，9S和2B为了阻止恶棍，我选择牺牲自己，一起进入召唤阵，关上门。不知道为什么，矮人的妹妹也加入了进来，变成了光，消失在人们的视线中，只留下了一封信……
矮人的弟弟很伤心，但故事还没有结束。玩家可以每周完成一次常规任务，促进真实结局的进展，了解姐姐为什么牺牲自己，是否有机会再次与弟弟见面。
尼尔原作的结局已经在玩家的胸口捅了一刀，现在和FF14横尾太郎又拿起笔，写了一个意想不到的剧本，让人不禁喊道:横尾老贼，真有你的！
